La Contraloría General de la República fiscalizará que la Auditoría Interna de los entes y órganos sujetos a su competencia institucional, cumpla adecuadamente las funciones que le señala el ordenamiento jurídico que la regula; coordinará, como mínimo, una actividad anual para fortalecer su gestión.
La Contraloría General de la República planificará las fiscalizaciones que realizará a corto y mediano plazos, sin detrimento de que ante el surgimiento de nuevos elementos sea necesario realizar otras fiscalizaciones o si la Asamblea Legislativa así lo determina.
El resultado de dichas fiscalizaciones deberá ser informado directamente al jerarca de la institución y al auditor interno, quienes estarán obligados a tomar las medidas necesarias para el cumplimiento de lo dispuesto o recomendado, o, en su defecto, a plantear su oposición, dentro de un plazo máximo de quince días hábiles.
Presentada la oposición, el jerarca de la institución y la Auditoría Interna dispondrán de un plazo máximo de treinta días hábiles, contado a partir del recibo del informe de la Contraloría, para fundamentar debidamente su oposición.
Recibida la fundamentación de la oposición, la Contraloría General de la República tendrá un plazo máximo de treinta días hábiles para resolver el conflicto planteado y deberá notificar, de inmediato, al ente u órgano discrepante, lo resuelto en este asunto.
El jerarca institucional, previa formación del expediente, podrá plantear denuncia formal ante la Contraloría General de la República, cuando el auditor interno, el subauditor interno y los demás funcionarios de la Auditoría Interna puedan estar incumpliendo la normativa técnica y legal aplicable, se incumpla el régimen de prohibiciones referido en la Ley 8292, Ley General de Control Interno, de 31 de julio de 2002, o cuando se considere que sus actuaciones injieren indebidamente en las competencias y la toma de decisiones propias de la administración activa, comprometiendo la efectividad del sistema de control interno o poniendo en riesgo a la institución.
El Órgano Contralor, garantizando el debido proceso y con oportunidad suficiente de audiencia y defensa, deberá investigar, en el plazo de un mes contado a partir de la interposición de la denuncia, prorrogable por única vez por igual término.
Una vez concluida la investigación, la Contraloría General de la República informará lo resuelto al denunciante y al denunciado, quienes podrán interponer oposición conforme a las disposiciones antes señaladas.
Recibida la fundamentación de la oposición, la Contraloría General de la República tendrá un plazo máximo de un mes para resolver el conflicto planteado y deberá notificar, de inmediato, a las partes. Cuando corresponda, la Contraloría, con base en su potestad exclusiva sobre las auditorías internas, y de acuerdo con sus competencias constitucionales y legales, podrá ordenar la apertura del procedimiento administrativo, o bien, en caso de determinarse la existencia de eventuales delitos, presentará la denuncia ante el Ministerio Público.
El régimen sancionatorio aplicable en sede administrativa será el contemplado en el artículo 41 de esta ley.
El planteamiento de toda denuncia deberá ajustarse a los lineamientos y las directrices que, para el efecto, dicte el ente contralor.
(Así reformado por el artículo 3° de la Ley para fortalecer la naturaleza de las auditorías internas y su relación con la administración activa, N° 10881 del 16 de marzo de 2026)